近年來台南民宿成為國內外旅客必遊勝地，臺南市政府為保障旅客住宿安全，每年由觀光旅遊局、消防局、工務局、衛生局、新聞處、警察局組成聯合稽查小組，對於台南民宿業皆辦理定期及不定期聯合稽查，共同對旅宿業之公共意外保險、消防安全、建築物公共安全、營業場所衛生及營業場所影音播放管理等進行查核。
105年度臺南市政府為掌握台南民宿而營業之旅宿業，合計辦理聯合稽查173家次，總計裁罰52家非法營業旅宿業者，裁罰金額合計新臺幣956萬元。
由於臺南市政府加強對於台南民宿稽查，部分未台南民宿已辦理歇業，而對於可合法設立登記之業者，觀光旅遊局也盡力加以輔導。105年合計成功輔導「月見溪行館」、「哈哈哈國際青年旅館」、「貿庭旅宿」、「全美旅驛」等台南民宿成功設立合法旅館；以及「白沐屋」、「玉井山水居宿」及「玉井山水居宿二」等3間新設合法民宿。同時106年台南雙城觀光地區通過後，原市區如福憩背包客棧、安平72號民宿、毛屋及住好運民宿，也已在今年（106）正式申請通過，讓到訪台南旅遊有更多選擇。觀光旅遊局以查報非法，同時輔導合法，雙管齊下的方式，為消費者住宿安全把關，以保障台南民宿的服務品質。