莉莉水果店創始人李澤先生，於日治時期在府前路南門市場內經營蔬果攤，戰後民國三十五年，召集同業成立南台物產股份有限公司，其前身為台灣青果株式會社台南支店，為創會董事。因採購方便，遂於府前路住家開設水果店兼擺麵攤經營，當時長女在美軍俱樂部服務，美軍總以小名「莉莉」暱稱，「莉莉水果店」就是這樣命名的。
　　因莉莉在美軍俱樂部上班之便，購得一台美製的果汁機，新鮮果汁初上市也是本店的創舉。水果店附近有很多機關單位，應單身漢上班族的要求，將麵攤轉型為月結包飯，形成當時台南最早的自助餐店，中、晚二餐當時的收費是240元，三餐為300元，每日食客越百人，相當熱鬧。
　　民國四十六年，將竹木屋舊店改建為二樓三成為今貌，正式申請執照掛上招牌。李澤先生常在南台的批發市場，店務大都由太太及兒女們共同照料，長子李悉木退伍成家後接管店務，前後約三十年，以貨真價實的經營原則，奠定了良好的基礎。尤其每年的中秋節，代客包辦寄送服務送禮的麻豆文旦、白柚，至今已四十年，亦是莉莉的特色之一。
　　民國八十一年，李悉木因健康情況不佳退休，由五男李文雄夫婦接掌店務。李文雄原本在南台批發市場做承銷商，繼承莉莉後，更積極經營管理，時時刻刻希望民眾認識水果的特色，吃出健康、美麗幸福的人生，並熱心參與同業間的聯誼活動，擔任過台南市青果商業同業公會第六、七屆的理事長。
　　民國八十八年，李先生本著回饋鄉親的熱忱，製作「莉莉水果有約」摺頁月刊，內容有認識水果、老照片的故事、看見與分享、台灣俗語、府城藝文活動等，非常精彩，每期印行二千份供民眾免費索閱，發行後受到民眾熱烈迴響，發行量亦增加至四千份。民國九十年，增設網站提供資訊給電腦族群，包括府城一週水果動態、府城小紀事、府城溫馨小故事等，期望能與府城民眾的互動更為密切。